El día miércoles 28 de Enero del 2009 juega su primer partido internacional con la camiseta de la Universidad de Chile contra Pachuca, dejando su valla invicta en la victoria por uno a cero en el Estadio Santa Laura.

Mientras que el 4 de febrero del mismo año, realizó su segunda participación en Copa Libertadores con la U, perdiendo por 2 goles a 1, pero clasificando de todas maneras a la fase de grupos de la copa.

El día 25 de Febrero del 2009, juega contra Grêmio por la fase de Grupo de la copa Libertadores, donde se destaco por sobre todos los jugadores, siendo la figura del partido con grandes atajadas. También destaca en el partido por la segunda fecha del grupo contra Aurora de Bolivia por su "espectacular vuelo", luego de partidos increíbles por la Copa Libertadores la U. de Chile quedo eliminada a manos de Cruzeiro con una gran actuación de Miguel Pinto quien evito el gol en varias ocasiones, pero no fue suficiente para pasar a la siguiente fase, donde la Universidad de Chile perdió por 1:0. Pero sin lugar a dudas una de las mejores actuaciones de este arquero fue el en empate 1:1 con Internacional de Porto Alegre en Brasil (23 de septiembre de 2009) en el primer partido de octavos de final de la Copa Sudamericana 2009, donde Pinto salvo en muchas oportunidades a la "U" con sus brillantes atajadas en el partido de vuelta igual fue uno de los destacados el partido finalizó con su valla en cero y con una victoria de 1:0 a favor de su equipo consiguiendo así el paso a los 4tos de final del certamente internacional mencionado. En cuartos de final tuvo una brillate actuación contra Fluminense en Brasil en el mismísimo Estadio Maracaná, donde el arquero chileno salvó en muchas ocasiones a la Universidad de Chile, donde finalmente empató 2:2. Todo esto lo ha llevado a ser catalogado por los medios internacionales de Sudamérica como el mejor arquero del continente.^[1] hizo un exelente desempeño en la copa nisan sudamericana es mas salo elegido como el mejor arquero hasta ahi era fijo en la U su club actual pero una lesion de los meniscos le va a costar estar un mes y medio fuera de las canchas siendo remplazado en alguna forma por esteban conde el otro arquero de la U. de chile